João Cidade Duarte nasceu em Montemor-o-Novo, Alentejo, em 1495, filho de pais humildes. Aos oito anos, motivado pelas descrições dum peregrino, deixou a sua terra e partiu para Espanha, levado pelo espírito de aventura. Chegou a Oropesa, morto de fome e sem forças, sendo aí recolhido por um abastado proprietário por conta de quem começou a trabalhar como pastor e, depois, exerceu outros cargos. Mais tarde, o patrão propôs-lhe casamento com uma sua filha, mas João não quis prender-se e desapareceu. Alista-se no exército. Passa por muitas peripécias e, por fim, por qualquer descuido, é expulso e regressa a Oropesa. Volta de novo a alistar-se nas tropas, mas agora contra os turcos, no centro da Europa. No regresso, vai a Santiago de Compostela e volta a Montemor, onde ninguém o conhece, pois os seus pais já tinham morrido. Volta a Espanha, a trabalhar em Sevilha, passa por Ceuta, Gibraltar e Algeciras. A sua vida é uma constante aventura.
Aos 42 anos, chega a Granada. Aí se operou a sua conversão. Granada será a tua cruz, diz-lhe o Senhor. A partir daí, chamar-se-á João de Deus. Por esse tempo encontrava-se em Granada o místico São João de Ávila em trabalhos de pregação apostólica. De tal modo falou sobre a beleza da virtude e a fealdade do pecado, que João de Deus se sentiu como que ferido por um raio. Saiu do templo e correu pelas ruas a gritar como um desalmado: "Misericórdia, Senhor, misericórdia"! Queimou os livros de cavalaria que vendia pelas portas e deu os livros de piedade a quem os quis aceitar. Andava descalço e confessava os pecados com manifesto arrependimento. Parecia que tinha perdido o juízo, de tal modo que os meninos corriam atrás dele, gritando: "Ao louco, ao louco!" Ninguém entendia aquela divina loucura. Os seus extremos chegaram longe de mais. O próprio São João de Ávila teve de o moderar. Foi então que surgiu a idéia de fundar uma nova Ordem religiosa em favor dos enfermos e dos pobres. Reuniu esmolas e construiu um hospital em Granada que no primeiro dia abriu com 50 camas. Aí recolheu todos os necessitados, a quem tratava primeiro da alma e depois do corpo.
Foi o precursor da beneficência moderna. De noite, pede esmola pelas ruas e todas as portas se lhe abrem e o ajudam.
Um dia declarou-se um violento incêndio no hospital e os doentes corriam sério risco de serem consumidos pelas chamas. João de Deus não hesitou. Avança contra o fogo e consegue salvar os seus enfermos, um a um, sem graves conseqüências. O amor que lhe queimava o peito foi mais forte do que as chamas do incêndio.
Os doentes cada vez eram mais a solicitar a sua ajuda e caridade. João de Deus precisa de mais recursos para acudir a tanta miséria. Desloca-se a Andaluzia e chega até Toledo, sempre em busca de novos auxílios
O início da sua obra não foi muito famoso, devido aos primeiros que se lhe juntaram: um alcoviteiro, um assassino, um espião e um usurário, mas, apesar disso, Deus serviu-se deles e transformou-os em heróis cristãos. Foi sobre estas quatro colunas que apoiou a sua obra. Tal era a força do seu amor e da sua caridade.
A sua fama espalhava-se cada vez mais e a sua Ordem dos Irmãos Hospitaleiros ia progredindo e aumentando o número dos seus membros. O próprio rei Filipe II tinha grande consideração por ele e favorecia-o regiamente.
Com tantos trabalhos em favor dos pobres, João de Deus não podia resistir por muito tempo. Acabou por cair doente também ele. No entanto, tendo reparado que o rio Genil levava muita madeira que podia ser vendida para socorrer os seus pobres, não hesitou e atirou-se à água para a recolher. Foi então que viu um jovem prestes a afogar-se. Num esforço supremo, conseguiu salvá-lo, mas isso custou-lhe a vida. Ao sentir próxima a morte, ergueu-se, vestiu-se e prostrou-se no chão, agarrado a um crucifixo, entregando assim a alma a Deus no dia 8 de Março de 1550. Granada inteira desfilou diante dos despojos deste homem, herói de humildade e caridade. Foi beatificado em 1630 e canonizado em 1690.